Les maladies virales, bactériennes, parasitaires et fongiques sont toutes causées par un agent pathogène (virus, bactérie, parasite ou un champignon). En pisciculture, la connaissance des bioagresseurs et leurs sources est une chose importante soit pour prévenir ou pour guérir. Il y a trois principales sources des bioargesseurs en élevage des poissons: les poissons eux même, source animale (mammifères et oiseaux) et l'environnement.
- Les poissons:
Sont les principales source des bioagresseurs à cause des conditions d'élevage qui favorisent la propagation des maladies. Les poissons qui vivent dans un milieu restreint avec une grande densité ont une forte possibilité de se frotter les uns aux autres, si un poisson contaminé existe, il va passer l'agent pathogène aux autres poissons sains.
En plus, si un poissons meurt et reste dans le bassin d'élevage, il sera un excellent support pour le développement des bactéries et des champignons. Il faut toujours s'assurer de retirer chaque poisson mort.
- Les animaux:
Le cycle de vie des certains parasites, la ligule ligula intestinalis par exemple, lorsqu'elle est adulte elle se trouve dans l'intestin des oiseaux aquatiques ichtyophages. Ces oiseaux vont disséminer les oeufs de ce parasite dans l'eau, et l'éclosion va donner un coracidium qui va être ingéré par un copépode où il va se développer en procercoïde. Le poisson ingère ce copépode infecté et devient le second hôte intermédiaire. La larve de la ligule va se développer en plérocercoide dans la cavité abdominale du poisson et gagne du volume. Le poisson va alors perdre son équilibre et devient repérable pour les oiseaux ichtyophages.
- L'environnement:
L'eau utilisée en élevage peut ramener avec elle des agents pathogènes tel que les bactéries et les parasites, surtout si la prise d'eau n'est pas bien contrôlée (filtrage mécanique et biologique).
L'endroit où se situe la ferme piscicole aussi joue un rôle important, il faut toujours éviter d'installer la ferme près des sources de pollution comme les rejets urbains et industriels, les carrières (la poussière est un support bactérien) et les décharges publiques.